麦积山石窟开凿之初，便有寺院，碑碣记载，东晋时寺庙名为无忧寺；北魏名为石岩寺；到了隋代，由隋文帝赐名为净念寺；唐代更名为应乾寺；宋代时期则因为进献灵芝，于宋徽宗大观元年（1107年）赐名“瑞应寺”，沿用至今。
1942年，年逾六旬的于右任先生在重庆看完冯国瑞编著的《麦积山石窟志》后感慨万分，也深为这座民族佛教艺术宝库而感到自豪，欣然提笔写下“文传庾子山、艺并莫高窟” 。不久之后，还书写了行草横幅“瑞应丰年”，以及一幅中堂，内容系唐代诗人杜甫《山寺》一诗。
麦积山石窟是第一批全国重点文物保护单位，作为“丝绸之路：长安—天山廊道的路网”的组成部分被联合国教科文组织公布为世界文化遗产。
